|
|
Polyomavirové minichromozomy: interakce se složkami vrozené imunity
Satratzemis, Christos ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Trejbalová, Kateřina (oponent)
Genom polyomavirů má podobu kruhové dsDNA (double-stranded DNA), která je ve virionech a během celého replikačního cyklu v komplexu s buněčnými histony. Komplex polyomavirové DNA s histony je tak vzhledem ke strukturní podobnosti s chromatinem eukaryot označován jako minichromozom. Stav chromatinu minichromozomu ovlivňuje transkripci a replikaci virové DNA, což by mohlo být využito vrozenou imunitní odpovědí buňky na virovou infekci. Složkou vrozené imunity, jež působí na virový chromatin, je nekanonický histon H3.3, jeho chaperon DAXX-ATRX (death domain associated protein 6-alpha-thalassemia, mental retardation X-linked syndrome) a proteinové komplexy zvané PML (promyelocytic leukemia protein). Pro indukci vrozené imunitní reakce je však nutná detekce molekul signalizujících infekci či buněčný stres. Během infekce myším polyomavirem (MPyV) je reakce spouštěna DNA senzorem cGAS (cyclic GMP-AMP synthase). V této diplomové práci byla sledována distribuce histonu H3.3, chaperonového komplexu DAXX- ATRX a proteinu PML v průběhu infekce MPyV. Histon byl posléze ve virovém chromatinu detekován hmotnostní spektrometrií. Data naznačují, že chaperonový komplex a protein PML by se mohly podílet na regulaci vkládání H3.3 do chromatinu MPyV. Pro další studium senzoru cGAS byl konstruován plazmid kódující...
|
|
|
Interakce malých DNA virů a jaderných tělísek PML
Lovtsov, Alexey ; Huerfano Meneses, Sandra (vedoucí práce) ; Kadlečková, Dominika (oponent)
Tato práce se zaměřuje na mnohostranné interakce mezi malými DNA viry a PML NBs. PML NBs jsou bezmembránová jaderná tělíska, jejichž trvalou nebo přechodnou součástí je více než 170 proteinů. Mezi ty trvalé patří např. proteiny PML, Daxx a Sp100. Podstatnou vlastnosti mnoha proteinů PML NBs je to, že podléhají SUMOylaci. Kromě funkcí v regulaci apoptózy a genové exprese, remodulaci chromatinu a odpovědích na poškození DNA se tyto struktury podílejí i na antivirové obraně buňky. Viry naopak vyvíjely různé strategie, jak mařit restrikční působení PML NBs, nebo dokonce, jak zneužívat některé jejich složky pro posílení infekce. Je pravděpodobně, že PML NBs mají v určitých případech významnou roli ve virové infekci, ale modely takových procesů jsou zatím neúplně vyřešené a v některých kontextech kontroversní. Některé proteiny adenovirů interagují se složkami PML NBs, aby zabránily negativním dopadům PML NBs na transkripci a replikaci. Naopak genomy papilomavirů se zdají být chráněny PML NBs před degradací po vstupu do jádra a během transkripce. U polyomavirů byly publikovány obě funkce, jak podpora, tak naopak restrikce infekce. U Viru anemie kuřat vedla interakce virového apoptinu a PML k indukci apoptózy, ale výsledky byly v jiné práci zpochybněny. U pacientů s chronickou hepatitidou bylo zjištěno že...
|
|
|
Numerical simulations of optical response of nanostructures using FDTD method
Novák, Ondřej ; Veis, Martin (vedoucí práce) ; Vozda, Vojtěch (oponent)
Název práce: Numerické simulace optické odezvy nanostruktur pomocí metody FDTD Autor: Ondřej Novák ústav: Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí bakalářské práce: RNDr. Martin Veis, Ph.D., Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Abstrakt: Cílem této práce je vyvinout efektivní algoritmus pro výpočet optické odezvy nanostruktur, spolu s dalšími nástroji pro zpracování získaných dat. Je zde uvažována pouze problematika ve dvou diminzích. Pro výpočet je použita me- toda konečných změn v časové doméně (FDTD). Tato metoda pracuje s konečnou ortogonální síti, zvanou Yee-grid a je často nazývána Yee-algoritmem. Důraz této práce je obzvlášť kladen na efektivitu kódu a výpočetní náročnost. Evoluční rov- nice pracují s tenzory, které jsou zpracovávány na grafické kartě prostřednictvím CUDA architektury. Jsou zde představeny různé způsoby redukce reflexí na okraji modelovaného prostoru, metody modelování objektů na ortogonální síti, kritéria stability. Pro zisk dat ze simulace je použita diskrétní Fourierova transformace, odkud lze dopočítat spektrální odezvu modelovaného objektu. Zároveň je zde na- značeno, jak z výsledku simulace získat hodnoty dalekého pole. Na závěr je zde popsán model permitivity ušlechtilých kovů spolu s pokusem o simulaci povrcho- vého plasmonu. Klíčová slova: FDTD, CUDA, PML, CPML, Yee-grid iii
|
|
|
Možná úloha proteinu DAXX v zástavě buněčného cyklu a buněčné senescenci
Valášek, Ján ; Hanzlíková, Hana (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Death domain-associated protein 6 (DAXX) je multifunkčním proteinem, který se účastní rozličných buněčných procesů. Funguje jako regulátor transkripce, histonový chaperon nebo regulátor apoptózy, ve které je jeho úloha dosti kontroverzní. Účastní se také regulace odpovědi buňky na poškození DNA (DDR). Vytváří a stabilizuje komplex s Mdm2, který negativně reguluje stabilitu významného nádorového supresoru p53. Ten je součástí signalizačního uzlu v DDR. Pokud není poškození DNA pro buňku letální a současně neumožňuje pokračovat v proliferaci, dochází ke stavu nevratné zástavy buněčného cyklu, tzv. buněčné senescenci. Za fyziologických podmínek může navození senescence zabraňovat rozvoji tumorigeneze. Proto má popis mechanizmů, které se podílejí na navození senescence, potenciální klinický význam. Cílem mé diplomové práce bylo stanovit změnu množství proteinu DAXX v senescentních buňkách a charakterizovat způsob jeho regulace. V nádorových buňkách MCF-7 a primárních BJ fibroblastech jsem pozoroval snížení hladiny proteinu DAXX a regulaci jeho množství na proteinové úrovni. Otestoval jsem hypotézy, podle kterých navýšení jeho množství před poškozením DNA zabrání vstupu buňky do senescence, nebo zvýšení jeho exprese v senescenci způsobí obnovu buněčné proliferace. Obě hypotézy byly zamítnuty. Bylo by...
|
|
|
Imunita v polyomavirové infekci
Janovec, Václav ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Belovičová, Martina (oponent)
Lidské polyomaviry JC a BK patří do skupiny malých neobalených DNA virů a jsou široce rozšířené v lidské populaci. Po zpravidla bezpříznakové prvotní infekci následně přetrvávají celoživotně v organismu ve stavu perzistence. Tato práce si tak klade za cíl shrnutí dosavadních poznatků týkajících se zapojení jednotlivých imunitních mechanismů, podílejících se na imunitním dohledu vůči perzistujícím JC a BK virům. Z dosud publikovaných poznatků vyplývá, že imunitní dohled vůči lidským polyomavirům představuje velice komplexní proces, kde důležitým faktorem je zapojení a spolupráce nespecifické i specifické imunitní obrany. Dlouhodobý imunitní dohled proti perzistujícím virům je zprostředkován zejména specifickými T lymfocyty. Pokud je tento imunitní dohled narušen, může docházet k reaktivaci těchto virů. Další významnou roli v případech reaktivace hrají i změna cytokinového prostředí a genetická výbava jedince. Zmíněné dva lidské polyomaviry navíc rozvinuly mechanismus, který jim zřejmě umožní částečně uniknout před imunitním dohledem. To také otevírá otázku, zda tímto imunitním únikem nepřispívají k indukci tumorogeneze.
|
|
|
Role of the tumour suppressor PML in DNA damage response and cellular senescence after genotoxic stress
Knoblochová, Lucie ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Promyelocytický leukemický protein (PML) je nádorovým supresorem. Důležitým aspektem je jeho interakce s proteinem p53, která může způsobit aktivaci kontrolních bodů buněčného cyklu a při dlouhodobé signalizaci i rozvoj předčasné buněčné senescence. Buněčná senescence je stav trvalé zástavy růstu, který je spojen s morfologickými a metabolickými změnami a permanentní signalizací odpovědi na poškození DNA. Role proteinu PML při asociaci s lézemi poškození DNA a ve vývoji senescence je zatím nejasná. Cílem mé práce bylo charakterizovat protein PML v souvislosti s odpovědí na poškození DNA (DDR) a rozvojem senescence po genotoxickém stresu, a to rentgenovém záření, díky využití deplece PML pomocí technik siRNA-zprostředkovaného "knock-downu" a pomocí kompletního "knock-outu" (PML KO) PML v lidských buňkách. Dynamika lézí DNA, hladiny proteinů souvisejících s DDR a proliferační křivka byly měřeny pomocí metod imunoblotu a nepřímé imunofluorescence. Nebyly pozorovány žádné významné změny ve vytváření lézí DNA, aktivaci DDR (p53 a Chk2), aktivaci inhibitoru cyklin dependentních kináz p21CIP1/WAF1 , senescentní morfologii a aktivitě SA-β-galaktozidázy u PML KO buněk. Na druhou stranu, PML KO buňky vykazovaly vyšší hladinu retinoblastomového proteinu (Rb) a pomalejší proliferaci. Závěrem, PML protein hraje...
|
|
|
Role of PML in nucleolar functions
Kučerová, Alena ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Skalníková, Magdalena (oponent)
Promyelocytic leukemia protein (PML) je nádorový supresor, jehož hladina bývá často snížená u různých typů nádorů. PML hraje roli v celé řadě buněčných procesů včetně odpovědi na DNA poškození, senescenci či apoptóze a v buňce se nachází převážně ve strukturách nazývaných PML jaderná tělíska. Jadérko je klíčová jaderná struktura, kde dochází k transkripci ribozomální DNA a k tvorbě ribozomů. Jadérko bývá také označováno jako senzor stresu, protože hraje roli například ve stabilizaci p53 proteinu. Výrazně patrný přesun PML na periferii jadérka se objevuje při narušení jadérkových funkcí například při inhibici úprav rRNA nebo při inhibici aktivity RNA polymerázy I a II, které vedou k segregaci jadérka. Z toho vyplývá, že vztah mezi jadérkem a PML jadernými tělísky se jeví být důležitým při odpovědi na stres. Nicméně přesná role PML jadérkových struktur ve funkcích jadérka a mechanismus formování těchto struktur zůstává stále nejasný. V této práci popisujeme PML jadérkové struktury a mechanismus jejich vzniku. Ukázali jsme, že příčinou tvorby PML jadérkových struktur není replikační stres a že jejich výskyt není závislý na specifické fázi buněčného cyklu. Na základě pátrání potom, co indukuje PML expresi po inhibici DNA topoisomeráz, jsme prokázali, že PML exprese je v tomto případě řízená...
|
host ::
RSS.